Чаще всего логи, которые пишутся на диск демоном журналирования, занимают больше всего места (несколько гигибайт за месяц). Но это не всегда так, и всегда лучше проверить, что именно занимает больше всего места.
В Debian-подобных системах есть чудесная программа — ncdu (также могу порекомендовать gt5), но ее необходимо еще поставить, что невозможно, когда место уже закончилось. Поэтому мы будем пользоваться системными средствами.
Подробнее Как проверить, что занимает место в Unix/Linux системе на примере CentOS